公共卫生的分子流行病学和测序方法 - 模块

模块标题 在完成模块后，与会者会知道...... 主持人
（1）遗传学和进化101
（15.6 MB文件）
  • 如何不同的生物（病毒，细菌等）在其遗传物质中不同以及如何对“遗传群”数据的解释方式
  • 遗传物质如何变化（取代，水平基因转移和重组，indels）以及这种效果解释“遗传亚型”数据的不同机制
 Emilio Debess（俄勒冈州）
和CDC
（2）下一个Gen测序方法（NGS）
（41.5 MB文件）
  • NGS如何与传统的Sanger测序不同
  • 不同的测序方法
  • 用于评估测序数据质量的不同定量措施
 马修/佛（佛罗里达）;保罗·蝉（俄勒冈州）和CDC
（3）序列分析简介
（17.8 MB文件）
  • NGS数据如何组装成Contigs
  • De Novo和基于参考组件之间的差异
  • 比较两个序列以确定相似度水平
 Madhu Anand和Martin Wiedmann（纽约）和CDC
（4）树建筑物101-如何在大型个人之间可视化遗传相关性
（63.6 MB文件）
  • DNA序列数据如何用于构建树木
  • 构建Tress的不同类型的方法（KSNP）
 Madhu Anand和Martin Wiedmann（纽约）和CDC

病原体特定模块

模块标题 在完成模块后，与会者会知道...... 主持人
（1）艾滋病毒进化介绍
  • 进化如何导致艾滋病毒遗传序列分歧。
  • 基本遗传序列对准和遗传距离的基本概念。
  • HIV-TRACE如何使用成对遗传距离计算来定义电位传输群集。
 Joel Wertheim（加利福尼亚州，UCSD）
和谢丽尔ocfemia
（CDC）

全基因组测序用于调查美国最近的TB传输：当前的使用和未来计划

第1部分|第2部分|第3部分
  • 常规基因分型和WG的关键差异
  • 什么是在系统发育树上代表
  • WGS如何用于评估患者是否可能通过最近的传播相关联。
  • 为什么仅WGS不能用于推断出传输方向
  • TB控制程序如何在调查中使用WGS分析
 莎拉塔里科
和本杰明丝绸（CDC），TAMBI Shaw和Martin Cilnis（加利福尼亚州DPH）
常规全基因组测序的使用改善休闲症爆发的调查
  • WGS如何用于检测Listeriosis集群
  • WGS影响受影响的爆发调查
  • WG的未来方向与histeria单核细胞增生
 马太智慧（CDC）和Amanda Conrad（CDC）